У нас в одном из магазинов установлена касса, модель которой исключена из госреестра.

Да, вы можете применять эту модель в новом магазине, и в той ИФНС ее должны принять на учет.
Передав аппарат на новую торговую точку, вы по-прежнему остались владельцем кассы. А начав использовать ККТ до того, как ее исключили из государственного реестра, вы можете продолжать работать на ней, пока не закончится нормативный срок амортизации. Это сказано в пункте 5 статьи 3 Федерального закона от 22 мая 2003 г. № 54-ФЗ. Поэтому налоговая инспекция, которая курирует новый магазин, должна зарегистрировать вашу кассу. Такую возможность также подтверждает письмо ФНС России от 20 мая 2005 г. № 22-3-11/ 908@.