Наш сотрудник-совместитель в феврале 2005 года взял учебный отпуск по основному месту работы.

Нет. Статьей 173 ТК РФ предусмотрено, что на время сдачи сотрудником государственных экзаменов работодатель должен предоставить ему месячный отпуск и выплатить средний заработок.

При этом если сочетает работу с обучением совместитель, то средняя заработная плата выплачивается ему только по основному месту работы. Такой вывод можно сделать из статьи 287 ТК РФ. А значит, платить отпускные совместителю, который находится на учебе, вы не должны.