Налоговая инспекция запросила для камеральной проверки первичные документы по выплатам, которые не облагаются ЕСН.

Да, правомерно.
В соответствии со статьей 88 НК РФ инспекторы, проводя камеральную проверку, могут требовать документы, подтверждающие правильность исчисления налогов. А копии больничных листов, приказы об увольнении, расчеты отпускных – документы, на основании которых рассчитывается налоговая база по ЕСН.
Поэтому инспекторы имеют право запросить у вас эти документы. По ним инспекторы проверят, правильно ли вы определили выплаты, не облагаемые ЕСН на основании пункта 3 статьи 236 и статьи 238 НК РФ. Такие выплаты отражаются в расчете по авансовым платежам по соцналогу по строке 1000 или по строке 1100.